Bei kirchensteuerpflichtigen Arbeitnehmern behält der Arbeitgeber neben der Lohnsteuer auch die Lohnkirchensteuer ein und führt diese an das Finanzamt ab. Die Kirchensteuer vom Kapitalertrag wird neben der Kapitalertragsteuer von der Bank eingezogen. Der Einbehalt der Kirchenkapitalertragsteuer kann durch einen beim Bundeszentralamt für Steuern einzureichenden Sperrvermerk vermieden werden, dann wird diese Kirchensteuer durch das Finanzamt festgesetzt.
Die Zugehörigkeit zu einer steuererhebenden Religionsgemeinschaft wird in den Meldedaten gespeichert und automatisch in den elektronischen Lohnsteuerabzugsmerkmalen (beim Steuerabzug vom Arbeitslohn) sowie den elektronischen Kirchensteuerabzugsmerkmalen (beim Steuerabzug vom Kapitalertrag) berücksichtigt.