Die Zulassung von Eingriffen in Natur und Landschaft ist Sache der Stellen, welche nach den jeweiligen Fachgesetzen über die Genehmigung von Vorhaben entscheiden (z. B. Bauaufsichts-, Immissionsschutz- oder Wasserbehörde). Die Naturschutzbehörden werden in diesen Fällen innerbehördlich beteiligt. Die Naturschutzbehörden entscheiden nur dann in einem eigenen naturschutzrechtlichen Verfahren über die Zulassung des Eingriffs, wenn keine andere Behörde zuständig ist oder wenn die Naturschutzbehörde aus wichtigen anderen Gründen ohnehin eine Entscheidung treffen muss. Die ersten Ansprechpartner für die Bürgerinnen und Bürger sind die unteren Naturschutzbehörden. Deren Aufgaben nehmen die Kreisverwaltungen bzw. bei kreisfreien Städten die Stadtverwaltungen wahr.